Мечеть Хазрати Хизр связана с именем легендарного бессмертного благочестивого человека Хазрати Хизра. Здание было построено на фундаменте древней мечети, расположенной на холме напротив комплекса Шахизинда. Памятник находится на пересечении улиц Шахизинда и Ташкент.
Первое упоминание о мечети относится к началу VIII века, когда арабы завоевали Согд. Согласно легенде, после того как войска Кутайбы захватили Самарканд в 712 году, арабы перекрыли канал Джойи-Арзиз плотиной и попытались затопить городскую крепость. Однако с неба упала огромная белая птица и прорвала плотину. В память об этом событии один из сподвижников Кутайбы, Мухаммад ибн Васо, построил мечеть Хазрати Хизр в Темир-Дарвазе, на южной стороне Афрасияба, на месте зороастрийского храма, почитаемого согдийцами. Мечеть была полностью разрушена во время монгольского нашествия в 1220 году.
Нынешняя мечеть была построена в 1854 году на древнем фундаменте. Реконструкция была завершена в 1919 году, когда известный мастер из Самарканда Абдукадир бин Боки установил входной портал и восточный минарет, а ворота были непосредственно покрыты куполом.
Мечеть состоит из ханакоха с помещениями с двух сторон, дополнительных комнат, кладовой и минарета; позже к зданию были пристроены дополнительный айван и ворота. Ворота имеют куполообразную крышу, а по двум углам крыши украшены ребристыми куполами и минаретами; с левой стороны крыши находится портик с 5 деревянными колоннами, украшенными резьбой, богато декорированными привлекательными узорами.
В 2018 году на территории мечети был открыт мавзолей Первого Президента Республики Узбекистан Ислама Каримова.